Super C 1.0

El juego tiene lugar en diciembre de 2634, un año después de los eventos del Contra original. Se recibe una inquietante señal de socorro del general Hal, que se dirigió a Sudamérica en preparación para las 7a maniobras militares del Ejército GX, informando que el Ejército GX se ha rebelado repentinamente. La rama superior de las fuerzas de la federación llama a Bill y Lance a investigar la situación. Llegan a las ruinas de la base, sólo para descubrir que las tropas del Ejército GX estaban siendo poseídas por el mismo tipo de criaturas mutadas que lucharon en Galuga (en el Contra original). Por lo tanto, la situación se vuelve más sombría teniendo en cuenta el hecho de que Bill y Lance están matando a sus antiguos camaradas de armas.

Al igual que en el Contra original, la localización norteamericana de la versión de la NES cambió el entorno futurista del juego a uno contemporáneo, aunque la premisa de Bill y Lance luchando contra sus antiguos camaradas de armas se mantuvo más o menos igual.